A machine learning approach for viral genome classification.

Journal: BMC bioinformatics
Published Date:

Abstract

BACKGROUND: Advances in cloning and sequencing technology are yielding a massive number of viral genomes. The classification and annotation of these genomes constitute important assets in the discovery of genomic variability, taxonomic characteristics and disease mechanisms. Existing classification methods are often designed for specific well-studied family of viruses. Thus, the viral comparative genomic studies could benefit from more generic, fast and accurate tools for classifying and typing newly sequenced strains of diverse virus families.

Authors

  • Mohamed Amine Remita
    Laboratoire de bioinformatique, département d'informatique, Université du Québec à Montréal, Montreal, P.O. Box 8888 Downtown Station, H3C 3P8, Qc, Canada.
  • Ahmed Halioui
    Laboratoire de bioinformatique, département d'informatique, Université du Québec à Montréal, Montreal, P.O. Box 8888 Downtown Station, H3C 3P8, Qc, Canada.
  • Abou Abdallah Malick Diouara
    Laboratoire de bioinformatique, département d'informatique, Université du Québec à Montréal, Montreal, P.O. Box 8888 Downtown Station, H3C 3P8, Qc, Canada.
  • Bruno Daigle
    Laboratoire de bioinformatique, département d'informatique, Université du Québec à Montréal, Montreal, P.O. Box 8888 Downtown Station, H3C 3P8, Qc, Canada.
  • Golrokh Kiani
    Laboratoire de bioinformatique, département d'informatique, Université du Québec à Montréal, Montreal, P.O. Box 8888 Downtown Station, H3C 3P8, Qc, Canada.
  • Abdoulaye Baniré Diallo
    Laboratoire de bioinformatique, département d'informatique, Université du Québec à Montréal, Montreal, P.O. Box 8888 Downtown Station, H3C 3P8, Qc, Canada. diallo.abdoulaye@uqam.ca.